По умолчанию, при загрузке Windows активируется дефолтная оболочка (Explorer.exe), показывающая пользовательский рабочий стол. Вы можете изменить это поведение заменив explorer.exe на ваше собственное приложение, поправив один параметр в реестре.
Ключ: HKEY_Local_Machine\Software\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Winlogon
Имя: Shell
Значение: Explorer.exe
Замените Explorer.exe на имя вашего приложения. Убедитесь, что вы ввели правильный путь для приложения. Теперь вам достаточно только перелогинить пользователей для вступления изменений в силу.